Muy recordada entre todos los seguidores “pericos” fue la participación en la Copa de la UEFA de la temporada 1987-88. En esta edición se eliminaron a los siguientes equipos: Borussia Mönchengladbach, AC Milan, Inter de Milán, TJ Vítkovice y Club Brujas antes de no poder superar en la final y, en los penaltis, al Bayer 04 Leverkusen.
En mayo, Nacional inició su participación en el campeonato bajo el nombre extraoficial de Independiente Nacional, denominación adoptada por los jugadores, foro camisetas pero que nunca apareció en las planillas oficiales. El campeonato continuaba jugándose en dos torneos, Apertura y Finalización, pero se estableció que los dos primeros de cada torneo, clasificaban a un cuadrangular final, camisetas de fútbol shop en el cual se definía al campeón. En el torneo Apertura terminó en el tercer lugar con 31 puntos y ganó el Finalización con 34 puntos. Logró los subcampeonatos de la Copa Intercontinental en 1989, de la Copa Libertadores en 1995, de la Recopa Sudamericana en 1990, de la Copa Simón Bolívar en 1971 y fue tres veces subcampeón de la Copa Sudamericana en 2002, 2014 y 2016, adicional a esto en la Copa Mundial de Clubes de la FIFA 2016 obtuvo la Medalla de Bronce al ganar el partido por el tercer lugar del torneo.
Era la época de El Dorado en la que llegaron a Colombia jugadores de toda América, entre ellos, varios que en aquel momento estaban entre los mejores del mundo, pero el club mantenía su política de tener únicamente jugadores nacidos en Colombia, conocidos como los «puros criollos», esto lo situó en franca desventaja frente al resto de equipos que se habían reforzado con extranjeros.
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Originalmente, fue patrocinada por la departamental inglesa de Buenos Aires, Gath & Chaves, que dejó de preparar los uniformes del conjunto nacional en 1973, un año previo a su clausura. En esta ronda el equipo de la capital logró sacar un empate importante como visitante 1-1 en el Estadio Palogrande, que le permitió cerrar la llave como local en El Campín. El 10 de octubre, Nacional venció como visitante 2-6 al América en la ciudad de Palmira, y dio su primera vuelta olímpica. En la fase de octavos de final, el 5 de abril, enfrentó en Medellín al Racing Club y ganó 2-0. En el juego de vuelta cayó por 1-2, aunque en el resultado global, Nacional se impuso por 3-2 y logró pasar de ronda.
Durante el Finalización, Nacional continuó con su regularidad, y terminó en la tercera posición. Durante 1962 y 1963, los resultados continuaron siendo negativos, a pesar de la contratación de extranjeros. Para destacar, en marzo de aquel año se incorporó el argentino Jorge Hugo «la Chancha» Fernández, quien fue considerado la mejor contratación del año y posteriormente se inscribiría en la lista de ídolos de Nacional. Lo poco para rescatar fue la contratación en 1963 del argentino Eduardo Balassanián.
Lo destacable fue la regularidad de Balassanián que continuó haciendo goles, y el marcador de punta Cristóbal Yotagrí, quien se destacó como uno de los mejores jugadores del campeonato. En la jornada 32, el Granada empató (1-1) frente al Sevilla FC en un partido donde el Granada se adelantó con un gol de Diego Mainz y en el que el Sevilla FC empató con un gol del propio Mainz en propia puerta.