Durante la temporada 1999/2000, el equipo estuvo a punto de lograr el ascenso. En los diez primeros partidos solo consiguió un punto de los 30 posibles. En la temporada 1957/58, el equipo comenzó con muy malos resultados coincidiendo con la gran riada de Valencia, que dejó el campo de Vallejo inservible, teniendo que jugarse los partidos correspondientes a la primera vuelta lejos de él. A partir de ahí, el equipo empezó a bajar el nivel debido a la competición de Copa del Rey y a las lesiones importantes, como las de Juanlu, Valdo y Barkero, entre otros. En esta temporada se celebra el 75.º aniversario del club, nombrándose como presidente de honor al príncipe Felipe y llevándose a cabo diversos actos sociales bajo la presidencia de Antonio Aragonés.
Estos decidieron encerrarse en el vestuario obligando con ello a dimitir al presidente y a sus colaboradores. Alejandro Escribao Vidal, elegido unos días antes de la toma de posesión de la presidencia por parte de Antonio Aragonés y a petición de este último, que hizo que la junta gestora se transformara en junta directva del club y el Presidente de la misma en Presidente del Levante U. D.. Sin embargo, todavía se le conoce al estadio como parte del Village. En semifinales, la crisis futbolística del equipo local estalló con una vergonzosa goleada por 1:7 ante la selección de Alemania, en el partido que la prensa bautizó como Mineirazo y que contó con una anotación de Miroslav Klose, quien se convirtió en el máximo goleador de la historia de la Copa Mundial con 16 tantos.
El conjunto inglés ha hecho una oferta a los rojiblancos de 28 millones de euros, pero parece que en el Manzanares se remiten a la cláusula de rescisión, 40 millones de euros, para cualquier equipo que pregunte por el esloveno. A pesar de una mala primera vuelta, el conjunto de Luis García Plaza reaccionó, empezando por un empate contra el Real Madrid de Mourinho cosechado en el Ciudad de Valencia. De la mano de Juan Ignacio Martínez, el Levante U. D. gana contra todo pronóstico al Real Madrid por 1-0 y encadena siete victorias seguidas, algo que jamás había conseguido el club.
Esto no fue suficiente, ya que la Federación Española decidió reducir la Segunda División a un solo grupo, por lo que el Levante se vio obligado a descender a Tercera División. No obstante, en la temporada siguiente (2005/06), y con dos entrenadores, primero con José Oltra y, tras su destitución, con José Manuel Esnal “Mané”, acompañado de Ángel Garitano, el Levante volvió a alcanzar su objetivo en Lérida y regresó a la Primera División. Durante los dos siguientes años, el Levante no reparó en gastos e invirtió ampliamente con tal de recuperar la categoría, objetivo cumplido al finalizar la temporada 1978/79. El club había retornado a la división de plata y mantuvo la categoría durante varios años, pero a costa de una gran deuda económica.
Finalmente en los Playoffs el Almería no logra pasar de las semifinales, cayendo frente al Gerona FC y dando por finalizada su temporada sin lograr cumplir por segundo año consecutivo el objetivo del ascenso a Primera División. La temporada en Primera División (2004/05) se inició de manera espectacular. En la temporada 1995/96, el equipo logró, tras una excelente campaña, el primer puesto y el ascenso a la Segunda División. Sin embargo, al año siguiente, el equipo volvió a descender, aunque recuperó la categoría inmediatamente después. Tras un inicio de temporada titubeante y un final de año 2009 decepcionante, el Levante inició el año 2009/10 de forma fulgurante e hizo una segunda vuelta espectacular, convirtiéndose en el mejor equipo de la Segunda División.
La temporada siguiente, de la mano del técnico Mané, el equipo se clasifica en el primer cuarto de la tabla. Tras históricas victorias en las que se le dio la vuelta al marcador, como la victoria frente al Hércules CF en el Ciudad de Valencia por 2-1 o frente al FC Cartagena en el estadio Cartagonova por 3-5. El 13 de junio de 2010, el Levante, con uno de los presupuestos más bajos de la categoría y de forma totalmente inesperada, lograba su cuarto ascenso a la Primera División en su historia con una victoria ante el CD Castellón por 3-1 y el simultáneo empate del Real Betis en el Helmántico de la U. D. Salamanca a falta de una jornada.
Pero unas semanas después, antes de la última jornada de liga ante el Real Madrid en el Bernabéu, volvieron a convocar una huelga, amenazando con negarse a jugar el partido y dejando así al equipo merengue sin poder celebrar su título liguero. Sin embargo, y a pesar de las dificultades, Manolo Salvador y el técnico lograron formar un equipo competitivo para la categoría, disipando los temores de un nuevo descenso. Esa misma temporada, el club desciende a la Segunda División B. Sin embargo, debido a las deudas, el club se ve obligado a descender otra categoría más, tiendas de ropa de futbol hasta la Tercera División.
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