Durante veinticinco años, en las décadas de los años 1950, 1960 y parte de los años 1970, el Club Deportivo Mirandés disputó sus encuentros en tercera división con un breve descenso a categoría regional que duró entre 1968 y 1970. La mejor temporada del Mirandés en esta época corresponde a la 1957-58, cuando el club finaliza en segunda posición disputando la fase de ascenso.
En la temporada 1988-89 el C. D. Mirandés consiguió su primer título de liga de tercera división con Juan Manuel Lillo como entrenador y además recuperó de nuevo la categoría hasta 1991. El 16 de febrero de 1992 se produjo su primer encuentro internacional al jugar un partido amistoso contra el Dukla Praga para inaugurar la iluminación artificial del estadio de Anduva.
El destino quiso ser cruel con el C. D. Mirandés, ya que durante todo el partido estuvo ascendido, pero un inoportuno tanto de un jugador langreano en el minuto 89 tiró al traste la ilusión de todos los aficionados que abarrotaban el Estadio de Anduva. El club entró en crisis los años venideros al interpretar muchos aficionados mirandesistas ese gol en el último minuto como una dejadez intencionada por parte de la junta directiva rojilla y sus escasos propósitos de ascender, camisetas futbol thai lo que provocó que muchos socios no renovasen su carné al año siguiente. En su etapa en Tercera división española el número de socios no sólo se mantuvo, sino que incluso aumentó, y es que durante la temporada 2006-07 se consiguió el, en ese momento, récord de socios en la historia del club con 4015 abonados tras un acuerdo con la Junta de Castilla y León.
Finalmente la temporada se saldó con 18 derrotas y 46 puntos terminando en el puesto número 12, puesto más que inesperado para un club con tanta historia. Finalmente el Mirandés cayó en las semifinales contra el Athletic Club tras dos claras victorias rojiblancas tanto en Anduva como en San Mamés. En su presentación, el presidente Anil Murthy comunicaba que el club “se enfrentaría a realidades económicas similares a las de la temporada pasada” por lo que tanto José Bordalás como el secretario técnico del club Miguel Ángel Corona comenzaron rápidamente a construir el nuevo proyecto. Entre los invitados destacaban el presidente de la Diputación de Burgos, Vicente Orden Vígara o el presidente de la Real Federación Española de Fútbol, Ángel María Villar.
O eso piensa Twitter, que se ha exaltado, y mucho, al ver la nueva camiseta de la selección española de fútbol. En este caso, el Granada tiene la silueta de la Alhambra como reconocimiento al símbolo de la ciudad y a uno de los símbolos culturales de España y del mundo, pero la UEFA considera que no es apropiado y le ha prohibido jugar con la ‘Fortaleza Roja’ en la camiseta. ↑ «El Granada golea al Lorca».
Este actual himno, compuesto en marzo del año 2009, fue grabado en los estudios “Deifontes” en Granada. Al año siguiente, en 2009, el Mirandés concluyó la temporada en segunda posición tras el Club de Fútbol Palencia. Fue un triste e injusto final para una temporada que, de haberse consumado el ascenso a la categoría de plata del fútbol español, habría sido la mejor de la historia del conjunto rojillo. En la temporada 2004-05 el equipo perdió la categoría después de tres entrenadores y con el orgullo que haber llegado a octavos de final en Copa del Rey tras ser eliminado por el Real Betis (campeón de dicho año) pero después de ganar a U. D. Salamanca y Real Sociedad.
En 2001, el club celebró su 75.º aniversario con un torneo triangular entre Deportivo Alavés, Real Valladolid y Club Deportivo Mirandés siendo el equipo pucelano el ganador. Al año siguiente, en la temporada 2006-07, el C. D. Mirandés ganó su tercer título de liga y cayó eliminado del play-off de ascenso en el último partido ante el Villarreal Club de Fútbol B. Con motivo del 80.º Aniversario del Club, el día 2 de mayo de 2007 se celebró un encuentro amistoso entre el Club Deportivo Mirandés y el Racing de Santander cuyo resultado fue de 2-1 a favor de los rojillos.